Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Warszawie działa w ramach sześciu jednostek organizacyjnych w tym pięciu delegatur terenowych.

W skład Wojewódzkiego Inspektoratu wchodzą:

1. Wydział Inspekcji,
2. Wydział Monitoringu Środowiska,
3. Laboratorium Wojewódzkiego Inspektoratu,
4. Wydział Budżetu i Finansów,
5. Wydział Administracyjno-Techniczny,
6. Wydział Organizacyjno-Prawny,
7. Wydział Informatyki,
8. Samodzielne Stanowiska do spraw:
   • Skarg i Komunikacji Społecznej,
   • Kontroli Zarządczej, 
   • BHP i Ppoż.,
   • Obronnych, Obrony Cywilnej i Ochrony Informacji Niejawnych, 
   • Archiwum Zakładowego.
9. Delegatury Wojewódzkiego Inspektoratu w:
   •  Ciechanowie,
   •  Mińsku Mazowieckim,
   •  Ostrołęce,
   •  Płocku,
   •  Radomiu.

W skład delegatur Wojewódzkiego Inspektoratu wchodzą:

1. Dział Inspekcji,
2. Dział Monitoringu Środowiska,
3. Samodzielne Stanowiska do spraw:
   • Administracyjno-Technicznych,
   • Prawnych,
   • Informatyki.

W skład Laboratorium Wojewódzkiego Inspektoratu wchodzą trzy pracownie: w Warszawie, Ciechanowie i Radomiu.